על פי הסברי "המרכז הארצי לבחינות והערכה", מחושב הציון הפסיכומטרי בשלושה שלבים.

בשלב הראשון מחושבים "ציוני הגלם". "ציון גלם" פירושו מספר התשובות הנכונות במבחן הפסיכומטרי בתחום מסוים. לדוגמה, אם בפרק המילולי הראשון עניתם נכונה על 14 שאלות ובפרק המילולי השני עניתם נכונה על 17 שאלות, ציון הגלם שלכם יהיה 14+17, כלומר 31. לפיכך ציון הגלם המקסימאלי בחשיבה מילולית הוא 60, בחשיבה כמותית הוא 50, ובאנגלית – 54.

בשלב השני מתורגמים ציוני הגלם לסולם אחיד של ציונים מ-50 ועד 150. החישוב נערך על פי טבלה.  על פי הטבלה, אם לדוגמה עניתם נכון על 59 מתוך 60 השאלות המילוליות – הציון שלכם הוא 148, ואם עניתם נכון על כל 60 השאלות – ציונכם הוא 150.

בשלב השלישי נעשה חישוב המבוסס על ממוצע משוקלל של הציונים שהתקבלו בשלב השני (בצורה גסה: 20% אנגלית, 40% חשיבה מילולית, 40% חשיבה כמותית). הממוצע המשוקלל מומר לציון בטווח שבין 200 ל-800 נקודות.

צורת החישוב המדויקת בשלב השלישי אינה חשופה לציבור, אך המרכז הארצי לבחינות והערכה מבטיח לנו כי: "ההבדלים בין מועדי הבחינה, בין השפות ובין הנוסחים אינם משפיעים על הציון. דרך חישוב הציונים מבטיחה שאם תיבחנו במועד שרמת היכולת של הנבחנים בו גבוהה מהממוצע, ציונכם לא יהיה שונה מהציון שהייתם מקבלים אילו נבחנתם בכל מועד אחר.". כלומר, הציון הפסיכומטרי תלוי אך ורק ביכולות שלכם ואינו מושפע מן הנבחנים האחרים.

כאמור, אופן חישוב הציון המדויק בשלב השלישי לא גלוי לציבור, אולם אופן חישוב הציון בשלב השני כן. פועל יוצא כך הוא, שנבחן המקבל את טופס הציון שלו, שכולל ציון סופי ושלושה ציונים בסולם אחיד של הפרקים השונים, יוכל לדעת בדיוק על כמה תשובות ענה נכון בפרקים הרלוונטיים.
לדוגמה, אם משה קיבל בטופס הציונים שלו 148 בחשיבה מילולית, הוא יודע שטעה בשאלה אחת בפרקים אלו, ואם קיבל 150 נקודות – סימן הוא שלא טעה כלל. דא עקא, שטבלאות המעבר מציון גלם לציון בסולם אחיד משתנות מבחינה לבחינה, כפי שניתן לראות מהטבלאות המצורפות לבחינות המפורסמות באתר המרכז הארצי. בנוסף, בצורה מסתורית למדי, מדווחים תלמידים על ציונים כמו 149 בחשיבה מילולית – ציון שלא מופיע בטבלאות הבחינה הרלוונטיות, אך ייתכן שדיווח התלמידים אינו מדויק. העולה מן הדברים הוא, שגם חישוב הציונים האחידים במבחן הפסיכומטרי מושפע משיקולים שאינם גלויים לציבור לגמרי.